La théorie de Darwin est une partie d'une théorie scientifique, celle de l'évolution des espèces. Selon lui, les espèces animales et végétales ont dû changer pour survivre, elles ont dû s'adapter aux variations de leur environnement. Seuls ceux qui survivent ont des descendances, c'est ce qu'on appelle « la sélection naturelle ».

Darwin élabore donc sa propre théorie : la théorie de l'évolution. Cette théorie part de l'idée que toute espèce produit plus de descendants qu'il n'y a de ressources (nourriture et espace vital). Ainsi, tous les descendants ne peuvent pas survivre jusqu'au moment où ils seront en mesure de se reproduire.

La théorie de Darwin se basait sur le mécanisme de la sélection naturelle. Celle-ci explique comment les populations peuvent évoluer de façon à mieux s'adapter à leur environnement, au fil du temps. Les souris de couleur pâle sont plus facilement repérées par les prédateurs et sont donc les proies les plus attaquées.

Opposée à la sélection artificielle, pratiquée dans le cadre de l’agriculture par les éleveurs, la sélection naturelle théorisée par Darwin explique que la transformation des espèces est le résultat de plein de processus plus petits à l’échelle des populations, dans lequel l’environnement joue un rôle essentiel.